Lorsque l'EEE PC a été introduit sur le marché et à connu un succès impressionnant, beaucoup voyaient le netbook comme une porte ouverte vers Linux pour le grand public, avec à la clé la fin de la suprématie de Microsoft sur les systèmes d'exploitation... Hélas pour eux, les choses ont bien changé depuis...
En effet, alors que Linux était le seul OS proposé sur les premiers netbooks, Microsoft a réagit face à la menace que représentait Linux, en ressortant des cartons un bon vieux Windows XP vendu à prix cassé (30$) pour conquérir le marché des netbooks. Et ils ont réussi : Windows XP atteindrait aujourd'hui selon NPD 96% de parts de marché sur le secteur des netbooks, soit plus que sur les ordinateurs de bureau et les ordinateurs portables classiques. Pour Microsoft, cette position s'explique par le fait que les utilisateurs habitués à Windows sur leur machine principale préfèrent opter également pour Windows sur leur netbook, tandis que les constructeurs auraient une préférence pour Windows en raison du support d'une plus large gamme de matériel.
On notera tout de même que, si Windows fait effectivement mieux sur netbooks que sur les machines classiques, c'est également le cas de Linux (4% sur les netbooks contre environ 2% sur le reste des machines grand public), les deux OS étant aidés sur ce marché par l'absence d'un outsider de poids : Mac OS X, qui atteint une part mondiale supérieure à 5%, avec des pointes à plus de 20% sur certains marchés !